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不管生物肥料的历史如何,微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年代开始,人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料,其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题,特别是无公害和消除环境的污染。因此,要研制出一种既具有肥料功能,又具有消除环境污染的能力,就十分困难。其难点在于:(1)一种微生物具有提供植物营养功能(如固氮基因等),但不一定能具有分解污染的能力(即分解物质的基因)。要实行基因转移十分困难,还要巨大的投资。(2)土壤污染物种类很多,现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同,所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到;(3)生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大,原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。(4)生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物,当其制成菌剂施入土壤后难以成活,而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
有机肥俗称农家肥,包括以各种动物、植物残体或代谢物组成,如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等);堆肥;沤肥;厩肥;沼肥;绿肥等。主要是以供应有机物质为手段,借此来改善土壤理化性能,促进植物生长及土壤生态系统的循环。